PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a medical image data alignment apparatus, method and program for aligning different kinds of image data on a tissue to be objected with high precision in a short time.SOLUTION: A patient SPECT (Single-Photon Emission Computed Tomography) and a patient CT are aligned via atlas data. The atlas data are a standard of SPECT image data, and are created based on SPECT image data of a plurality of patients. The patient SPECT and the atlas data are aligned based on the correlation of image signal values thereof, and a first transformation matrix T1 is determined. The atlas data and the patient CT are aligned based on the coordinate information added to these data in advance and a second transformation matrix T2 is determined. The patient SPECT and the patient CT are aligned by using the first transformation matrix T1 and the second transformation matrix T2.COPYRIGHT: (C)2011,JPO&INPIT【課題】標的組織に関する異種の画像データ相互の位置合せを、高精度かつ短時間で行うことが可能な医用画像データの位置合せ装置、方法およびプログラムを得る。【解決手段】患者SPECTと患者CTとの位置合せを、アトラスデータを介して行う。アトラスデータは、SPECT画像データの標準となるもので、複数の患者のSPECT画像データに基づき作成される。患者SPECTとアトラスデータとの位置合せが、これらの画像信号値の相関性に基づき行われ、第1変換行列T1が求められる。アトラスデータと患者CTとの位置合せが、事前にこれらに付加された座標情報に基づき行われ、第2変換行列T2が求められる。第1変換行列T1および第2変換行列T2を用いて、患者SPECTと患者CTとの位置合せがなされる。【選択図】図8