本发明公开了一种番茄RNA病毒寄主因子及其编码基因与应用。其目的是提供一种番茄RNA病毒寄主因子及其编码基因与其在植物抗病毒育种上的应用。该番茄RNA病毒寄主因子,是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质:1)序列表中的SEQ ID №:1;2)将序列表中SEQ ID №:1的氨基酸残基序列经过一至十个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有支持病毒复制作用的蛋白质。通过转反义基因片段或RNA干扰的方法沉默植物体内的该蛋白的编码基因可得到抗病毒的植物。本发明的番茄RNA病毒寄主因子基因ToTOM1及其抑制该基因表达的方法,在抗病毒植物培育和育种中具有较大的实际意义和广阔的应用前景。