本发明公开一种茄子查尔酮异构酶SmCHI蛋白及其编码基因,所述蛋白包括:(a)由如SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列组成的蛋白质;或(b)在(a)中的氨基酸序列经过取代、缺失或者添加一个或几个氨基酸且具有茄子查尔酮异构酶活性的由(a)衍生的蛋白质;所述编码基因的cDNA和gDNA分别具有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示碱基序列;该基因在根、茎、叶、花、果皮、果肉均有表达,果皮中的表达量显著高于其他组织。低温胁迫下,其表达量在48h达到最大值,为未处理的3.65倍。本发明为今后利用基因工程技术改良植物品质,获得高抗氧化性的药物或食物提供理论依据,具有很大的应用价值。