本发明公开了茄子高温胁迫内参基因及其应用。本发明基于正常生长条件和高温胁迫6h条件下的热敏和耐热茄子幼苗叶片转录组RNA‑Seq数据,从中找到8个候选内参基因。以SmActin为对照,对8个候选内参基因在热敏和耐热茄子品系高温胁迫不同时间、不用组织的实验材料中进行实时荧光定量PCR(qPCR)分析,采用GeNorm、NormFinder、Bestkeeper和ReFinder软件对qPCR结果进行分析,最终得到了在茄子正常生长温度和高温胁迫下不同时间和不同组织中最稳定表达的3个内参基因—Sm EF 1A、Sm TRX、Sm UCP。本发明首次针对茄子耐热性研究借助RNA‑Seq数据对内参基因进行筛选,有利于提高茄子高温胁迫条件下基因表达分析研究的稳定性和可靠性。