The present invention relates to an improved method for detoxifying gluten proteins from cereal grains, which makes it possible to obtain detoxified types of flour with a decrease in the antigenicity of toxic epitopes of gluten proteins to the range from 0 to 20 ppm, and thus they can be mainly used to obtain food products (for example, bakery products). , stamped pasta or dairy products) that have a clear prophylactic and / or therapeutic effect on intestinal dysbiosis caused by bacterial viral infectious agents or pathologies with a strong inflammatory or autoimmune component, such as celiac disease, ulcerative colitis, Crohn's disease and irritable bowel syndrome.Настоящее изобретение относится к улучшенному способу детоксификации глютеновых белков из зерен злаков, что позволяет получить детоксифицированные виды муки со снижением антигенности токсических эпитопов глютеновых белков до диапазона от 0 до 20 ppm, и таким образом их можно преимущественно применять для получения пищевых продуктов (например, хлебобулочных изделий, штампованных макаронных изделий или молочных продуктов), имеющих явный профилактический и/или терапевтический эффект в отношении кишечного дисбиоза, вызванного бактериальными или вирусными инфекционными агентами или патологиями с сильным воспалительным или аутоиммунным компонентом, такими как целиакия, язвенный колит, болезнь Крона и синдром раздраженного кишечника.