To display a specific part, such as a special light observation image, in a three-dimensional image.SOLUTION: In an endoscope system which can display an insertion part shape of an insertion part 10M as a three-dimensional insertion part image IA by a sensor coil 16 in a video scope 10 and an antenna unit 50 for shape detection, when a special light observation mode is set, a three-dimensional organ image IB to be an appearance shape of an organ to be photographed is displayed at the same time. For the three-dimensional organ image IB, a position of an emphasis part EI of the special light observation image is identified in the three-dimensional organ image IB, and an emphasis part FI is displayed overlapped.SELECTED DRAWING: Figure 6【課題】特殊光観察画像などの特定部分を３次元画像の中で表示する。【解決手段】ビデオスコープ１０内のセンサコイル１６と形状検出用アンテナユニット５０によって、挿入部１０Ｍの挿入部形状を３次元挿入部画像ＩＡとして表示可能な内視鏡システムにおいて、特殊光観察モードが設定された場合、撮影対象器官の外観形状である３次元器官画像ＩＢを同時に表示する。そして、３次元器官画像ＩＢに対し、特殊光観察画像の強調部分ＥＩの位置を３次元器官画像ＩＢの中で特定し、強調部分ＦＩを重ねて表示する。【選択図】図６
