本发明涉及一种簇毛麦6VS染色体特异性分子标记6VS-BH1及其用途，属于分子生物学和遗传育种科学技术领域；本发明所述标记引物6VS-BH1是借助麦类-二穗短柄草比较基因组学手段开发，具体序列为6VS-BH1F：如SEQ ID NO.1所示，6VS-BH1R：如 SEQ ID NO.2所示。分子标记6VS-BH1具有退火温度宽泛（60℃-66℃）、稳定性好、产物亮度强、分辨率高等多种优点。分子标记6VS-BH1是一个共显性标记，不仅能有效追踪小麦背景中的簇毛麦6VS染色体，还能区分纯合体和杂合体，而且能区分携带Pm21基因的易位系T6VS.6AL和携带PmV基因的易位系T6VS.6DL。因此，本发明公布的分子标记6VS-BH1在小麦抗白粉病分子标记辅助选择育种及Pm21基因和PmV基因的聚合育种中具有重要的实用价值。
