本发明公开了基于焦磷酸测序的鲤疱疹病毒3型检测试剂盒。本发明所提供的基于焦磷酸测序的鲤疱疹病毒3型检测试剂盒,依赖于鲤疱疹病毒3型指纹序列,所述鲤疱疹病毒3型指纹序列为序列表中SEQ ID No.1的第2355‑2389位核苷酸;所述试剂盒包括鲤疱疹病毒3型指纹序列的测序引物和扩增鲤疱疹病毒3型指纹序列的引物对;所述测序引物为序列表中SEQ ID No.4所示的单链DNA;所述扩增鲤疱疹病毒3型指纹序列的引物对由序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA和SEQ ID No.3所示的单链DNA组成。