The present invention relates to a method for separating protein from food by using an iso-electric point precipitation, comprising: obtaining a protein extract by adjusting pH of a raw material food in a media; precipitating the protein by adjusting pH of the protein extract to an iso-electric point of the desired protein; and recovering the protein precipitated after separating a protein filtrate through centrifuging the precipitated protein; in which the method may further include a heat-precipitation of the protein by heating the protein extract or the protein filtrate to 60~145 °C. The protein obtained in high yield according to the above method can be used as a food additive or a food nutritional enhancer.본 발명은 원료 식품을 매질 중의 pH를 조절하여 단백질을 추출시키는 단백질 추출액 획득 단계; 상기 단백질 추출액의 pH를 분리를 원하는 단백질의 등전점으로 조정하여 단백질을 침전시키는 단백질 등전점 침전 단계; 및 상기 침전된 단백질을 원심분리하여 단백질 침전 여액을 분리하고 침전 단백질을 회수하는 단백질 회수 단계를 포함하는, 등전점 침전에 의한 식품의 단백질 분리 방법에 있어서, 상기 단백질 추출액 또는 상기 단백질 침전 여액을 60 ~ 145℃로 가열하여 단백질을 침전시키는 단백질 가열 침전 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 분리 방법을 제공한다. 상기 방법에 따라 높은 수율로 얻어진 단백질은 식품의 영양 강화제 또는 식품 첨가제로서 이용될 수 있다.