PURPOSE: A separation-refining method of shellfish-originated functional lipid is provided to obtain the lipid with high yield compare to a method using hydrolase or organic solvents. CONSTITUTION: A separation-refining method of shellfish-originated functional lipid comprises the following steps: dissolving shellfish in a buffering solution; performing the hydrolysis after adding lipase into the solution; separating the hydrolyzed outcome into supernatant and residues; extracting the supernatant and residues separately using an organic solvent; and mixing each extract before concentrating.본 발명은 패류 유래 기능성 지질의 분리 정제 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 지질의 용도에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 홍합, 굴 또는 바지락 유래 지질 추출물의 제조방법과 상기 제조방법에 의해 추출한 지질 추출물, 상기 지질 추출물로부터 항산화, 항암, 항염증 활성을 갖는 기능성 지질을 분리 정제하는 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 지질에 관한 것이다. 본 발명의 제조방법에 따르면, 패류로부터 보다 뛰어난 수율로 지질 추출물을 얻을 수 있으며, 본 발명의 지질 추출물은 항산화, 항암 및 항염증 활성을 가지므로 의약품, 건강기능식품의 조성물로 이용될 수 있다.또한 본 발멸은 막분리공정을 이용하여 상기 지질 추출물로부터 항산화, 항암 또는 항염증 활성을 가지는 기능성 지질을 분리 정제하는 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 지질에 관한 것이다.또한 본 발명은 상기 지질 추출물 또는 기능성 지질을 유효성분으로 함유하는 항산화제, 항암제, 항염증제 및 건강기능식품에 관한 것이다.