The present invention particularly provides a composition comprising a pre-freeze dried formulation, a reconstituted formulation, and a lyophilized powder IX factor (FIX) polypeptide. The present invention also provides a lyophilization process for producing lyophilized powders comprising FIX polypeptides. (A) Factor IX Factor (FIX) polypeptides having FIX coagulation activity; (b) a buffer; (c) a stabilizer; (d) an extender; And (e) a surfactant, wherein the formulation has a fill volume of less than about 5 mL, each of (a) to (e) comprising: (1) (Mg / vial) sufficient to improve the stability of the peptide.본 발명은, 특히, 사전-동결건조 제형, 재구성된 제형, 및 동결건조 분말 IX 인자(FIX) 폴리펩타이드를 포함하는 조성물을 제공한다. 본 발명은 또한 FIX 폴리펩타이드를 포함하는 동결건조 분말을 생성하는 동결건조 방법을 제공한다. 본 발명은 (a) FIX 응고 활성을 갖는 IX 인자(FIX) 폴리펩타이드; (b) 완충제; (c) 안정제; (d) 증량제; 및 (e) 계면활성제를 포함하는 사전-동결건조 제형에 관한 것이되, 상기 제형은 충전 용적이 약 5㎖ 미만이고, 각각의 (a) 내지 (e)는 (1) 동결건조될 때 FIX 폴리펩타이드의 안정성을 개선시키기에 충분한 바이알 당 양(㎎/바이알)이다.