The present invention relates to a thermal stable endolysin LysCPD2 with lytic activity against Clostridium perfringens. Newly isolated endolysin LysCPD2 in the present invention shows a specific lytic activity against strains of the genus Bacillus and strains of the genus Clostridium, one of the causes of food poisoning and, in particular, exhibits stable antibacterial activity even when heat is applied. Therefore, endolysin of the present invention can be used for treating diseases caused by the infection of Clostridium perfringens, and, as a biological control agent, can contribute to the reduction of diseases in livestock and poultry caused by Clostridium perfringens, and also can improve the consumption stability of livestock and poultry through the development of a novel concept of controlling antibiotic resistant bacteria.본 발명은 클로스트리디움 퍼프린젠스 용해능을 가진 내열성 엔도라이신 LysCPD2에 관한 것으로, 본 발명에서 새롭게 분리한 엔도라이신 LysCPD2는 식중독을 일으키는 원인균 중 하나인 클로스트리디움 속 균주들과 바실러스 속 균주들에 대해 특이적인 용균작용을 보이고, 특히 열을 가했을 때도, 안정적인 항균활성을 발휘한다.따라서, 본 발명의 엔도라이신은 클로스트리디움 퍼프린젠스균의 감염에 의한 질환 치료용으로 사용할 수 있고, 생물학적 방제제로써 클로스트리디움 퍼프린젠스균으로 인한 가축 및 가금류의 발병의 감소에 기여할 수 있으며, 새로운 개념의 항생제 내성균 제어방안 개발을 통해 가축 및 가금류 소비의 안전성을 향상시킬 수 있다.