本发明公开了一种基于杏仁核功能环路介导的重复经颅磁刺激(repeated Transcranial Magnetic Stimulation,rTMS)影像导航的方法,首先基于孤独症个体的结构磁共振数据寻找杏仁核区域作为感兴趣区域(Region of Interest,ROI),然后以这个ROI作为种子点基于这个个体的功能磁共振数据计算功能连接,寻找在背外侧前额叶区域中与杏仁核功能连接激活最强的区域作为rTMS治疗的靶点对孤独症患者进行rTMS治疗。本发明提供了一种基于杏仁核功能环路介导的重复经颅磁刺激影像导航的方法,利用磁共振数据判断杏仁核环路关联的背外侧前额叶(Dorsolateral Prefrontal Cortex,DLPFC)区域,采用rTMS打靶DLPFC来间接作用于难以打到的杏仁核区域。