本发明公开了兔脑炎微孢子虫孢壁蛋白SWP1在制备诊断或检测兔脑炎微孢子虫感染试剂中的应用。本发明根据NCBI数据库发表的兔脑炎微孢子虫SWP1基因序列设计特异性引物,在感染微孢子的狐狸肾脏样品中,扩增得到的核苷酸序列为SEQ ID NO.2所示的SWP1序列。将融合表达的SWP1-GST用于样品的检测,结果表明该融合表达的SWP1-GST蛋白对于检测兔脑炎微孢子虫感染的狐狸血清具有良好的特异性,但与弓形虫,新孢子虫,隐孢子虫感染的阳性血清没有交叉反应。而且研究结果表明使用SWP1蛋白作为检测抗原,其敏感性明显高于用PTP2蛋白作为检测抗原的敏感性。因此,本发明为诊断或检测兔脑炎微孢子虫病提供了一种敏感性更高的方法,从而进一步推动了兔脑炎微孢子虫病的诊断和预防技术的发展。