本发明提供了玉米低磷响应基因ZmARF31基因内的InDel分子标记,该SNP标记位于玉米第10号染色体148637125 bp位置,等位基因为38 bp的插入/缺失,所述38 bp的序列如SEQ ID NO.4所示,该等位基因的侧翼序列如SEQ ID NO.1所示,其由核苷酸序列如SEQ ID NO.2~3所示的引物扩增得到。该InDeL分子标记在正常磷水平和低磷胁迫下与玉米根尖数显著相关,位点基因型为38 bp插入的玉米自交系在正常磷水平和低磷胁迫下根尖数均高于位点基因型为缺失的自交系。本发明的分子标记可用于玉米辅助育种,加速玉米磷高效特异材料创制与新品种选育进程。