The present invention relates to the development of a targeted delivery system for the oral delivery of probiotics or therapeutic agent for various indications, including and not limited to active and prophylaxis treatment of Clostridium difficile infection, antibiotic associated diarrhea, irritable bowel syndrome, Crohn's disease, intestinal flora replacement, supplemental flora treatments for patients taking antibiotics, and for restoration of balance and signaling between the intestinal microbiome and the intestinal cells in patients under treatment of metabolic syndrome manifestations, specifically diabetes, insulin resistance, obesity, hyperlipidemia and hypertension.La présente invention concerne la mise au point d'un système d'administration ciblée par voie orale de probiotiques ou d'un agent thérapeutique pour diverses indications, y compris notamment, mais non exclusivement, pour le traitement actif et prophylactique d'une infection à Clostridium difficile, de la diarrhée associée aux antibiotiques, du syndrome de côlon irritable, de la maladie de Crohn, pour des traitements de remplacement de la flore intestinale ou de complément de flore destinés à des patients prenant des antibiotiques, et pour restaurer l'équilibre et la signalisation entre le microbiome intestinal et les cellules intestinales chez des patients traités pour des manifestations du syndrome métabolique, spécifiquement le diabète, l'insulinorésistance, l'obésité, l'hyperlipidémie et l'hypertension. La présente invention permet de restaurer des équilibres déficients d'organismes probiotiques qui sont caractéristiques desdites maladies, entre autres, et vise à mettre au point une technologie plate-forme pour l'administration régiospécifique d'organismes probiotiques dans le tractus gastro-intestinal d'un mammifère, plus spécifiquement l'iléon et/ou le côlon droit d'un sujet humain.