Methods of treating or preventing a Flavivirus infection in a subject are provided. The methods comprise administering to the subject a therapeutically effective amount of a Flavivirus inhibitor, e.g., a Flavivirus protease inhibitor. These methods are useful in treating and/or preventing Flavivirus infections such as, for example, West Nile Virus, Dengue Virus, and Japanese Encephalitis Virus. Methods of inhibiting a Flavivirus protease in a cell are also provided.Se proporcionan métodos para tratar o prevenir una infección por Flavívirus en un sujeto. Los métodos comprenden administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente efectiva de un inhibidor de Flavivirus, por ejemplo, un inhibidor de proteasa Flavivirus. Estos métodos son útiles al tratar y/o prevenir infecciones por Flavivirus tales como, por ejemplo, virus del Nilo Occidental, Virus del dengue, y virus de la encefalitis Japonesa. También se proporcionan métodos para inhibir la proteasa Flavivirus en una célula.