本发明公开了聚半乳糖醛酸酶优化基因及其表达载体和应用。本发明首先在不改变聚半乳糖醛酸酶氨基酸序列的前提下，综合考虑密码子偏好性，GC含量的变化，密码子适应指数(CAI)，不稳定序列的删除，mRNA二级结构等因素，对聚半乳糖醛酸酶基因进行多种策略的改造，得到3个聚半乳糖醛酸酶优化基因。进一步将上述3个聚半乳糖醛酸酶基因和1个野生型基因转入到毕赤酵母中进行表达，最终筛选出分泌表达量显著提高、酶活力最强的核苷酸序列为SEQ ID NO.3所示的聚半乳糖醛酸酶优化基因。本发明聚半乳糖醛酸酶优化基因所表达的聚半乳糖醛酸酶能有效地降解梨汁中的果胶类物质，提高出汁率和光穿透率，为工业化扩大生产奠定了基础。
