In alternative embodiments, the invention provides high throughput, multiplexed systems or methods for detecting a biological, a physiological or a pathological maker, or a single molecule or a single cell using a droplet microfluidics system integrated with use of a sensor or a sensing system, an aptamer, or a DNAzyme. In alternative embodiments, the sensor or sensing system comprises a nucleic acid based, an antibody based, an enzyme based or a chemical based sensor or sensing system. In alternative embodiments, the invention provides methods for detecting a biological, a physiological or a pathological marker, or a single molecule or a single cell using a droplet system integrated with rapid and sensitive fluorescence detection systems including, for example, a 3D Particle Detector. In alternative embodiments, the invention provides systems comprising Integrated Comprehensive Droplet Digital Detection (IC 3D).Dans des modes de réalisation, l'invention concerne des systèmes ou des procédés multiplexés, à haut débit, pour la détection d'un marqueur biologique, physiologique ou pathologique, ou d'une molécule unique ou d'une cellule unique à l'aide d'un système microfluidique en gouttes intégré à un capteur ou à un système de capteur, un aptamère, ou une DNAzyme. Dans d'autres modes de réalisation, le capteur ou système de capteur comprend un capteur ou système de capteur à base d'acide nucléique, à base d'anticorps, à base d'enzyme ou chimique. Des procédés pour la détection d'un marqueur biologique, physiologique ou pathologique, d'une molécule unique ou d'une cellule unique à l'aide d'un système en gouttes intégré à des systèmes de détection par fluorescence rapides et sensibles comprenant, par exemple, un détecteur de particules 3D et des systèmes comprenant une détection de type IC-3D (Integrated Comprehensive Droplet Digital Detection) sont en outre décrits.