The present invention relates to a magnetic resonance diffusion tensor imaging registration and a distortion correction method and a system thereof. A magnetic resonance image acquisition and image distortion correction system according to one embodiment of the present invention includes magnetic resonance image equipment which detects magnetic resonance diffusion tensor imaging; and an execution processing part. According to the embodiment of the present invention, the execution processing part uses an iteration method.본 발명은 영상강도 최소화를 통한 자기공명 확산텐서영상 정합 및 왜곡 보정 방법 및 그 시스템에 관한 것으로, 보다 상세히는, 자기공명 영상장비를 이용하여 얻어진 자기공명 확산텐서 영상을 정합하는 과정에서 발생되는 영상강도 차이를 최소화하여 영상정합 과정에서 발생 될 수 있는 오차를 최소화함으로써 획득된 자기공명 확산텐서영상의 분석 및 결과도출의 정확성을 높일수 있도록 하는 영상강도 최소화를 통한 자기공명 확산텐서영상 정합 및 왜곡 보정 방법 및 그 시스템에 관한 것이다.본 발명의 자기공명 영상획득 및 영상왜곡 보정방법은, 자기공명 영상장비를 이용하여, 확산강조 경사자장이 가해지지 않은 영상인 B0 영상을 검출하고, 각 방향별로 확산강조 경사자장이 가해지는 자기공명 확산텐서영상들을 검출하는, 초기 데이터 검출단계; 초기 데이터 검출단계에서 검출된, 확산강조 경사자장이 가해지지 않은 영상인 B0 영상, 및 각 방향별로 확산강조 경사자장이 가해지는 자기공명 확산텐서 영상들을 연산처리부가 수신하고, 확산계수텐서(D)를 계산하는, 초기 확산계수텐서 연산단계; 연산처리부에서, 초기 데이터 검출단계에서 검출된 각 방향별로 확산강조 경사자장이 가해지는 자기공명 확산텐서 영상들로부터, 확산효과가 없는 영상을 추출한 B0 영상을 추출하는, 확산효과없는 영상 추출단계; 확산효과없는 영상 추출단계에서 추출된 B0영상과, 초기 데이터 검출단계에서 검출된 확산강조 경사자장이 인가되지 않은 B0영상과의 영상정합을 통한 아핀(affine) 변환행렬을 연산처리부에서 구하는, 추출된 B0영상의 정합단계; 추출된 B0영상의 정합단계에서 구하여진 아핀 변환행렬을, 초기 데이터 검출단계에서 검출된 각 방향별로 확산강조 경사자장이 가해지는 자기공명 확산텐서영상들에 적용하여, 왜곡효과가 보정된 각 방향별 자기공명 확산텐서 영상을 획득하는, 왜곡보정 단계;를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 한다.