本发明公开了一种水稻穗顶部生长发育相关蛋白及其编码基因与应用。将本发明的SEQ ID No.4所示的DNA分子(靶基因是OsPAA1基因)导入水稻中获得OsPAA1基因表达水平降低的RNAi干扰转基因水稻的OsPAA1基因表达水平低于受体亲本水稻,而且该RNAi干扰转基因水稻出现了穗顶部退化的表型。本发明首次鉴定了与水稻穗顶部生长发育相关蛋白OsPAA1,其编码基因在功能丧失或表达量下降的条件下会引起水稻穗顶部的小穗发生退化,证明水稻穗顶部生长发育相关蛋白或其基因在控制水稻穗顶部小花发育过程中发挥重要作用。本发明不仅为进一步阐明水稻穗顶部退化的分子机理提供基础,而且为水稻育种提供新的基因资源和育种资源。