The present application is a method for treating diseases such as Pompe disease in a subject, comprising the steps of detecting an erythropoietin biomarker in a sample of the subject after administering methotrexate and a therapeutic agent to the subject, and additional immune tolerance based on the level of the erythropoietin biomarker Methods of treatment are provided, comprising administering an additional treatment with or without concurrently administering an induction or immunosuppressive regimen. Additionally, the present application provides a method and kit for evaluating the level of immune tolerance to a therapeutic agent in a subject based on detection of an erythropoietin biomarker after administration of methotrexate and a therapeutic agent to a subject.본 출원은 대상체에서의 폼페병과 같은 질환의 치료 방법으로서, 메토트렉세이트 및 치료제를 대상체에게 투여한 후 대상체의 샘플에서 적혈구 생성 바이오마커를 검출하는 단계, 및 적혈구 생성 바이오마커의 수준에 기반하여 추가 면역 관용 유도 또는 면역억제 요법을 동시에 투여하거나 투여하지 않고 추가 치료를 투여하는 단계를 포함하는, 치료 방법을 제공한다. 추가로, 본 출원은 메토트렉세이트 및 치료제를 대상체에게 투여한 후 적혈구 생성 바이오마커의 검출에 기반하여 대상체의 치료제에 대한 면역 관용의 수준을 평가하는 방법 및 키트를 제공한다.