本发明公开了鉴别紫黑色条纹果皮番茄的CAPS分子标记方法及应用，利用紫黑色条纹果皮番茄所携带的分子标记序列为SEQ ID No.1的核苷酸碱基序列，以紫黑色条纹果皮番茄基因组DNA模板经PCR扩增，SEQ ID No.3‑4的核苷酸碱基序列为扩增引物，进行扩增并酶切，经酶切后可获得区别于其他番茄果皮颜色的特异谱带，该分子标记方法应用于番茄品种改良以及育种；与现有技术相比，本发明采用的CAPS分子标记方法，通过PCR扩增、酶切、凝胶电泳分离酶切片段，观察其多态性，避免了传统RFLP分析中的转膜步骤，简化了操作，同时保持RFLP技术的精确度，检测到多态性机会较大，快速获得紫黑色条纹果皮番茄并应用于品种改良、辅助育种，对于培育富含花青素的番茄新品种具有重要的理论和实践意义。
