A heart rate variability analysis method and a heart rate variability analysis system are disclosed. A method for analyzing heart rate variability according to an embodiment of the present invention includes extracting a first factor for a subject from among a plurality of pathological factors and diagnosing the cardiovascular disease using the condition value for the first factor And if so, at least including the first factor to generate a rule for diagnosing the cardiovascular disease.심박수 변이도 분석 방법 및 심박수 변이도 분석 시스템이 개시된다. 본 발명의 일실시예에 따른 심박수 변이도 분석 방법은, 복수의 병증요인 중에서, 대상 환자에 대해 제1 요인을 추출하는 단계, 및 상기 제1 요인에 대한 조건 값을 활용하여 심혈관질환에 대해 진단이 확정되는 경우, 상기 제1 요인을 적어도 포함하여, 해당 심혈관질환을 진단하는 규칙을 생성하는 단계를 포함한다.
