本发明公开了转基因水稻PA110-15外源插入片段旁侧序列及应用。本发明首先提供了转基因水稻PA110-15品系外源插入基因的5’端序列以及3’侧翼序列,其核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。本发明以所述侧翼序列为靶基因提供了转高赖氨酸储藏蛋白基因水稻PA110-15品系特异性的PCR检测引物以及品系特异性定性检测方法。特异性实验表明,本发明建立的转基因水稻PA110-15品系特异性定性PCR检测方法具有高度的特异性。灵敏度测试结果表明,本发明建立的检测方法灵敏度达到0.1%。