本发明涉及生物技术和植物基因工程技术领域,具体而言,本发明涉及一种水稻胚乳特异性表达启动子及其应用,该启动子能够在水稻转基因调控体系中驱动目标基因在胚乳中表达,启动子的核苷酸序列如SEQ ID No:1所示。本发明的植物胚乳特异性表达启动子是通过设计引物,以水稻基因组DNA为模板,利用PCR方法从水稻中分离得到的pEnd1启动子,通过其在水稻中的表达特异性实验表明本发明的启动子使β‑葡糖苷酸酶(GUS)报告基因只在水稻种子胚乳中特异性表达。说明本发明的启动子可以启动外源基因在植物的胚乳中特异性的表达,适用于任何种子具有胚乳的植物,即单子叶植物或胚乳型双子叶植物。