本发明公开了植物花青素合成控制基因及其应用。所公开的基因序列如SEQ ID No.1所示。该基因在白色结球大白菜的第一个内含子中存在一个3772bp大小的大片段的插入突变、其gDNA序列如SEQ ID No.5所示。根据该基因的gDNA核苷酸序列中内含子中的突变设计了Marker1,Marker2,Marker8三对特异性PCR引物,其中Marker1和Marker2为共显性标记,Marker8为母性标记。通过对目标大白菜的DNA进行PCR扩增、经琼脂糖凝胶电泳鉴定,Marker1和Marker2能快速鉴定出分离群体中的紫心杂合株和纯合株,结合叶球性状,Marker8亦可以区分出分离群体的紫心杂合和纯合株。