本发明属于分子生物学及基因工程技术领域,目的是提供一种籽粒苋的绿色组织特异启动子,为ProAhPEPC,其核苷酸序列为:SEQ ID No.1所示的核苷酸序列;提供籽粒苋的绿色组织特异启动子ProAhPEPC在制备转基因植物的应用。籽粒苋的绿色组织特异启动子ProAhPEPC驱动外源基因只在绿色组织中表达,将其用于玉米、水稻等以籽粒为主要收获产物的作物,或马铃薯、甘薯等以地下根、茎为主要收获产物的作物中,让抗除草剂、抗虫等外源基因只在茎叶等绿色部分表达,而不在籽粒或地下薯块等食用部分表达,以提高转基因作物的安全性。