本发明涉及分子生物学领域,具体地说,涉及一种楸树CabuAP3蛋白及其编码基因与应用。所述蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,编码基因序列(CDS)如SEQ ID No.2所示,所述楸树CabuAP3基因的cDNA序列全长如SEQ ID No.3所示。本发明提供的CabuAP3基因仅在楸树的花瓣和雄蕊中表达,而在叶片、萼片和雌蕊中不表达。通过农杆菌介导的花序浸染法将CabuAP3基因表达载体转入野生型拟南芥和拟南芥ap3‑3突变体中,结果显示转基因野生型拟南芥额外长出了1个花瓣,说明CabuAP3基因具有调控转基因野生型拟南芥花瓣数量增加的功能,而转基因拟南芥ap3‑3突变体长出了花丝状结构。利用楸树CabuAP3基因表达载体获得的植物变异材料,可用于植物育种和观赏,具有很好的应用前景。