本发明属于生物医学工程技术领域,具体涉及一种Beclin1突变蛋白及其制备方法和应用。该Beclin1突变蛋白具有如SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列;或如SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列经缺失、插入或替换所获得的具有相同功能的氨基酸序列。其制备方法包括:获得编码Beclin1突变蛋白的核苷酸序列;将该核苷酸序列插入pET载体中得重组质粒;将该重组质粒转化大肠杆菌BL21,并进行异源表达培养;提取该大肠杆菌BL21异源表达的Beclin1突变蛋白。该Beclin1突变蛋白在细胞内高效表达后,导致表型上的自噬抑制,因此,其具有在治疗自噬相关疾病的相关药物开发价值。