PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system, a processor device, and an operation method of the endoscope system that can reduce artifact and calculate an accurate oxygen saturation degree.SOLUTION: An endoscope system includes: an oxygen saturation degree correction unit for calculating a variation Δ of an oxygen saturation degree Sof the latest second period from an oxygen saturation degree Sof the past first period, maintaining the value of the oxygen saturation degree Sof the second period when the variation Δ is below a threshold Th, and correcting the oxygen saturation degree Sof the second period to a value that causes the variation Δ to be the threshold Th when the variation Δ is the threshold Th or more； and an oxygen saturation degree image creation unit for creating an oxygen saturation degree image using the oxygen saturation degree Sof the second period.SELECTED DRAWING: Figure 15【課題】アーチファクトを低減して、正確な酸素飽和度を算出することができる内視鏡システム、プロセッサ装置、及び内視鏡システムの作動方法を提供する。【解決手段】内視鏡システムは、過去の第１期間の酸素飽和度ＳW1に対する最新の第２期間の酸素飽和度ＳW2の変化量Δを算出し、変化量Δが閾値Ｔｈ未満の場合には、第２期間の酸素飽和度ＳW2の値を維持し、かつ、変化量Δが閾値Ｔｈ以上の場合には、変化量Δを閾値Ｔｈにした値に第２期間の酸素飽和度ＳW2を補正する酸素飽和度補正部と、第２期間の酸素飽和度ＳW2を用いて酸素飽和度画像を生成する酸素飽和度画像生成部と、を備える。【選択図】図１５
