本发明公开了一种预防猪圆环病毒病的酵母工程菌。基因工程菌含有编码LSO融合蛋白的基因,其LSO融合蛋白序列如SEQ ID NO:1所示。本发明利用高拷贝的酵母整合型质粒表面展示猪圆环病毒PCV2的多表位抗原及致病性猪大肠杆菌病保护性抗原LTB‑SLT‑IIeB的融合蛋白;同时,重组融合蛋白LTB‑SLT‑IIeB本身具有免疫佐剂的作用,即作为抗原,也是佐剂,发挥双功能;提高了重组啤酒酵母菌株展示猪圆环病毒PCV2的ORF2编码的CAP蛋白的免疫原性及免疫效力。本发明的酵母基因工程菌可应用于猪圆环病毒病的预防和治疗中。