An ingestible capsule device collects fluid aspirates from locations within the body, locations such as the small intestine, and retains the fluid aspirates free from contamination as the capsule device is expelled from the body. The device allows for microbial and metabolomics analysis for a variety of gastrointestinal, allergic, endocrinologic, and oncologic diseases. In some examples, the capsule device is a multi-stroke device that includes a capsule shell and two reservoirs located within the shell. Check valves work in conjunction with a vacuum pressure pumping mechanism to control fluid movement from one reservoir to another, where one of the reservoirs may be expandable and permeable to some fluids. In other examples, the capsule device employs a peristaltic pump fluid control with the capsule device, and a single semi-permeable bladder stores collected fluid aspirate.La présente invention concerne un dispositif du type capsule ingérable qui collecte des aspirations de fluide à partir demplacements à lintérieur du corps, des emplacements tels que lintestin grêle, et préserve les aspirations de fluide de toute contamination lorsque le dispositif du type capsule est expulsé du corps. Le dispositif permet une analyse microbienne et métabolomique pour diverses maladies gastro-intestinales, allergiques, endocriniennes et oncologiques. Dans certains exemples, le dispositif du type capsule est un dispositif à plusieurs courses qui comprend une enveloppe de capsule et deux réservoirs situés à lintérieur de lenveloppe. Des clapets anti-retour fonctionnent conjointement avec un mécanisme de pompage de pression de vide pour commander le déplacement de fluide dun réservoir à un autre, lun des réservoirs pouvant être extensible et perméable à certains fluides. Dans dautres exemples, le dispositif du type capsule utilise une commande de fluide de pompe péristaltique avec le dispositif du type capsule, et une seule poche semi-perméable stocke laspiration de fluide collecté