The present invention provides a method for producing heparan sulfate having anticoagulant activity. Specifically, in the present invention, heparosan is partially N-deacetylated and then reduced in molecular weight with heparinase III, and the resulting reduced molecular weight is converted into heparan sulfate having anticoagulant activity. To provide a method for producing heparan sulfate having a desired average molecular weight.本発明は、抗凝固活性を有するヘパラン硫酸の製造法を提供する。具体的には、本発明は、ヘパロサン（ｈｅｐａｒｏｓａｎ）を部分的にＮ－脱アセチル化した後にヘパリナーゼＩＩＩ（ｈｅｐａｒｉｎａｓｅ ＩＩＩ）で低分子化し、生成した低分子化物を抗凝固活性を有するヘパラン硫酸に変換することによる、所望の平均分子量を有するヘパラン硫酸の製造法を提供する。
