The invention provides methods and compositions for treating viral infections. A nuclease is used to cleave viral nucleic acid in an infected cell. The nuclease cleaves viral nucleic acid in a sequence-specific manner and thus does not cleave genes or other important genomic features from a genome of the infected host. In a preferred embodiment, the nuclease is a CRISPR-associated protein such as Cas9 and is delivered to the infected cells as a ribonucleoprotein that includes the Cas9 and a guide RNA designed to target HSV or CMV nucleic acid. Additionally or alternatively, the nuclease can be delivered encoded on a plasmid or as mRNA to be expressed within the target cells. Methods and compositions may be used to treat a patient or may be used to treat tissues, cells, or organs ex vivo.Linvention concerne des procédés et des compositions pour traiter des infections virales. Une nucléase est utilisée pour cliver un acide nucléique viral dans une cellule infectée. La nucléase clive lacide nucléique viral dune manière spécifique à une séquence et, par conséquent, ne clive pas de gènes ou dautres éléments génomiques importants à partir dun génome de lhôte infecté. Dans un mode de réalisation préféré, la nucléase est une protéine associée à CRISPR, telle que Cas9, et est fournie aux cellules infectées en tant que ribonucléoprotéine qui comprend Cas9 et un ARN de guidage pour cibler un acide nucléique CMV ou HSV. En outre ou en variante, la nucléase peut être fournie codée sur un plasmide ou en tant quARNm pour être exprimée dans les cellules cibles. Des procédés et des compositions peuvent être utilisés pour traiter un patient ou peuvent être utilisés pour traiter des tissus, des cellules ou des organes ex vivo.