本发明公开了用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合,其包括如SEQ ID NO:1~29所示的核苷酸序列。本发明还公开一种用于鲤鱼种质鉴定的方法,包括:步骤一、获取待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和已知种质候选亲本鲤鱼的基因组DNA;步骤二、利用微流体系统检测待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和候选亲本的基因组DNA,获得每条鲤鱼的多个SNP标记位点的基因型;以及,步骤三、根据孟德尔遗传规律分析每条鲤鱼的多个SNP标记位点的基因型的结果,判断出待鉴定种质鲤鱼与已知种质候选亲本鲤鱼中的哪条鲤鱼有亲缘关系,以确定待鉴定种质鲤鱼的种质。本发明还公开了SNP标记组合在鲤鱼种质鉴定中的用途。本发明分型准确、效率高。