Disclosed are an oral medication compliance monitoring system using a smart phone and a method thereof. The system of the present invention comprises: a memory module for storing a name, dosage method, dosage period, daily dosage number and dosage time, dosage precautions, medicine side effect and information about periodic medicine prescription of an oral medicine； an RFID tag which is attached to a surface of the oral medicine, and stores inherent information of the oral medicine and DNA information for user identification； an RFID protection film which blocks RF radiation by being comprised to surround the RFID tag before the oral medicine is taken, and is removed by stomach acid when the user take the oral medicine and the oral medicine arrives at a stomach； an RF module for receiving an RFID signal including the inherent information of the oral medicine and the DNA information for user identification, if the RFID protection film is removed and the RFID signal including the inherent information of the oral medicine and the DNA information for user identification is radiated； and a medication compliance checking module which monitors oral medicine medication of the user continuously by processing the RFID signal received from the RF module and recognizing the inherent information of the oral medicine and the DNA information for user identification. At this time, the DNA information for user identification is a short tandem repeat (STR) marker, and the RFID protection film is configured to be removed by an acid of pH 1.5 ~ 3.5.스마트 폰을 이용한 처방 약물 자동 입력 및 복약 시간 알림 시스템 및 방법이 개시된다. 경구 약물의 이름, 복약 방법, 복약 기간, 일일 복약 횟수 및 복약 시간, 복약 시 주의사항, 약물 부작용, 정기적인 약물 처방 여부에 대한 정보를 미리 저장하는 메모리 모듈； 상기 경구 약물의 표면에 부착되어 상기 경구 약물의 고유 정보 및 사용자 식별용 DNA 정보가 저장된 RFID 태그； 경구 약물 복용 전에는 상기 RFID 태그를 감싸도록 구비되어 RF의 방사를 차단하고, 상기 사용자가 상기 경구 약물을 복용하여 경구 약물이 위에 도달하면 위산에 의해 제거되는 RFID 보호막； 상기 RFID 보호막이 제거되어 상기 경구 약물의 고유 정보 및 사용자 식별용 DNA 정보를 포함하는 RFID 신호가 방사되면, 상기 경구 약물의 고유 정보 및 사용자 식별용 DNA 정보를 포함하는 RFID 신호를
