本发明属于分子生物学领域,涉及一种分子标记,具体的,涉及一种与谷子株高基因紧密连锁的分子标记SIsv0338,所述SIsv0338标记735bp,位于谷子第五条染色体第42091089‑42091823bp位。该分子标记含有Seq ID No.1所示的序列。本发明还公开了获得上述SIsv0338标记的扩增引物及应用。本发明公开的与谷子株高基因紧密连锁的分子标记SIsv0338、扩增引物,可以对谷子株高基因进行良好分型,可以用于谷子株高的分子标记辅助育种,为实现谷子株高的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持,对于加快谷子品种的遗传选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。