The bone disease evaluation system, a detector for detecting a phase contrast image of the radiation and the radiation source for emitting radiation, for an object, including bone, is emitted from the radiation source, transmitted through the bone, the phase-contrast a profile acquisition part from the joint of the bone is recognized and recognizing joint recognition unit, by the joint recognition section the joint of the bone from the image, to obtain a shape profile that represents the change in shape of the joint, the profile and frequency analysis unit for performing a frequency analysis with respect to the shape profile obtained by the obtaining unit, and index calculation unit for calculating an index related to disease of the joints on the basis of the analysis result of the frequency analysis unit is provided .骨疾患評価システムには、放射線を照射する放射線源と、骨を含む被写体に対して、前記放射線源から照射され、前記骨を透過した放射線の位相コントラスト画像を検出する検出器と、前記位相コントラスト画像から前記骨の関節部を認識する関節認識部と、前記関節認識部により認識された前記骨の関節部から、当該関節部の形状変化を表す形状プロファイルを取得するプロファイル取得部と、前記プロファイル取得部により得られた前記形状プロファイルに対して周波数解析を施す周波数解析部と、前記周波数解析部の解析結果に基づいて前記関節部の疾患に関する指標を算出する指標算出部とが備えられている。