本发明公开了一种甘蓝型油菜温敏型显性细胞核不育基因BnaAtsMs,涉及油菜育种技术领域。甘蓝型油菜温敏型显性细胞核不育基因BnaAtsMs,其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示;其编码的氨基酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示。其应用是:①用于甘蓝型油菜温敏型显性核不育系的选育;②用于甘蓝型油菜温敏型显性核不育系、保持系和恢复系的分子标记辅助选育。本发明利用BnaAtsMs基因序列结合基因工程技术可开发出油菜智能不育系统;利用BnaAtsMs基因序列信息可以实现分子标记辅助选择育种;可实现油菜及相关作物两系杂交制种。