The present invention relates to pharmaceutical compositions and methods for the treatment of peri-implant diseases, in particular peri-implant disease characterized by the destruction of the crest of the alveolar bone supporting the implant. Specifically, the method comprising the step of applying to a peri-implant bone displaying crestal resorption a 5 pharmaceutical composition comprising biocompatible bone augmentation material coated with a matrix composition which provides local controlled and pro longed release of at least one pharmaceutically active agent at the bone loss site.La présente invention concerne des compositions pharmaceutiques et des procédés pour le traitement de maladies péri-implant, en particulier une maladie péri-implant caractérisée par la destruction de la crête de l'os alvéolaire soutenant l'implant. Plus précisément, le procédé comprend l'étape d'application à un os péri-implant présentant une résorption de crête une composition pharmaceutique comportant un matériau d'augmentation osseuse biocompatible, enduit d'une composition de matrice offrant une libération locale contrôlée et prolongée d'au moins un agent actif de qualité pharmaceutique au niveau du site de perte osseuse.