本发明提供了两对水稻细菌性谷枯病菌检测用的引物,所述引物的核苷酸序列为SEQID NO.1:5’-ACACGGAACACCTGGGTA-3’;SEQ ID NO.2:5’-TCGCTCTCCCGAAGAGAT-3’和SEQ ID NO.3:5’-GCAGCGGCAAGGAAGACG-3’;SEQ ID NO.4:5’-GTCGTCGCCCGACGTCTC-3’。本发明还进一步提供了检测水稻细菌性谷枯病菌的方法,该方法对样品中水稻细菌性谷枯病菌进行分离,以细菌DNA为模板,利用上述引物进行双重PCR扩增,扩增产物进行DHPLC分析,得到的阳性结果,利用引物BGF3和BGR3扩增得到阳性片段作为的分子标本进行鉴定。本发明引物特异性好,检测方法准确性高,灵敏度高,为进出口安全提供了保证。