An integrated multi-trophic aquaculture system (multico) for a primary species, preferably a carnivorous marine species with high market value, secondary, preferably an omnivorous species of medium market value and tertiary species, preferably a detrivorous species with high market value, combined with an unfolding system for the primary species to an open semi-intensive or extensive system, the multico system for the primary species is an intensive closed or semi-closed system. The secondary species is stocked in an intensive closed or semi-closed system, while the tertiary species is stocked in a semi-intensive or closed extensive or semi-closed system. The multico system of the primary species is in communication with the system of the secondary species, while the system of the secondary species is in communication with the system of the tertiary species.Un sistema y método de acuicultura multi-trófica integrada (multico) de una especie primaria, preferentemente una especie marina carnívora de alto valor comercial, secundaria, preferentemente una especie omnívora de mediano valor comercial y terciaria, preferentemente una especie detrívora de alto valor comercial, en combinación con un sistema de desdoblamiento de la especie primaria a un sistema abierto semi-intensivo o extensivo, el sistema multico para la especie primaria es un sistema intensivo cerrado o semi-cerrado. La especie secundaria es sembrada en un sistema intensivo cerrado o semi-cerrado, mientras que la especie terciaria es sembrada en un sistema semi-intensivo o extensivo cerrado o semi-cerrado. El sistema multico de la especie primaria esta en comunicación con el sistema de la especie secundaria, mientras que el sistema de la especie secundaria esta en comunicación con el sistema de la especie terciaria. Para la especie primaria se tiene una densidad de biomasa en el sistema multico de entre 35 a 55 kg/m3. El recambio de agua en el tanque de la especie primaria se prefiere de entre 5 y 6 veces al