A computer-implemented method is provided for anatomically indexing a subject. The method includes receiving image scan data representative of a volume of a subject, the image scan data comprising a plurality of image slices of the subject and including at least a portion of the subject's spine. Identifying the spinal canal of the subject's spine in the image scan data and determining a plurality of markers for the spinal column, each marker defining a spine level coordinate system As such, the method includes the steps of showing the different vertebral bodies of the spinal column and including their positions in the image scan data defined in the coordinate system and storing each marker in the database along with its position. The label can then be used to reference other anatomical components of the subject in different image scans.コンピュータに実装される方法が、被検体に解剖学的にインデックスを付けるために提供される。本方法は、被検体のボリュームを表す画像スキャン・データを受信するステップであって、画像スキャン・データは、被検体の複数の画像スライスからなり、被検体の脊柱の少なくとも一部を含む、ステップと、画像スキャン・データにおける被検体の脊柱の脊柱管を識別するステップと、脊柱に対して複数の標識を決定するステップであって、各標識は、複数の標識が脊椎レベル座標系を定義するように、脊柱の異なる椎体を示し、座標系に定義される画像スキャン・データにおけるその位置を含むステップと、各標識をその位置とともにデータベースに保存するステップとを含む。標識はその後、異なる画像スキャンで、被検体の他の解剖学的構成要素を参照するために使用され得る。