本发明公开了一种重组鸽圆环病毒Cap蛋白的杆状病毒系统表达及该蛋白的应用,属于基因工程技术领域。鸽圆环病毒Cap蛋白由该病毒Cap基因所编码,所述Cap基因的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示。表达重组鸽圆环Cap蛋白的方法包括:对包含鸽圆环病毒PiCV-zj1的全基因组核苷酸序列设计引物及鸽圆环病毒结构蛋白基因重组质粒为模板的反应体系进行PCR反应处理,得到含有鸽圆环病毒Cap基因的PCR产物;将所述PCR产物克隆到昆虫细胞杆状病毒系统中,得到用于表达重组鸽圆环病毒Cap蛋白的重组杆状病毒。本发明表达的重组Cap蛋白比原核表达产物更接近天然Cap蛋白,且表达效率高、用途广泛。