A method for deleting a region of DNA in a plant. In some embodiments, the method comprises transforming a plant with a nucleic acid molecule, wherein the nucleic acid molecule encodes one or more zinc finger nuclease(s) (ZFNs) operably linked to one or more tissue specific promoter(s), e.g., a pollen specific promoter. Methods include excising native genes in a plant. Accordingly, in some embodiments, ZFNs are engineered that recognize sequences that flank native plant genes. In further embodiments, ZFNs are expressed under the control of developmental stage specific promoters, such that, for example, nucleic acid sequences are specifically excised in plants during relatively late stages of development. Nucleic acid molecules useful for carrying out disclosed methods and plants produced by the methods are included.Un método para eliminar una región de ADN en una planta. En algunas modalidades, el método comprende transformar una planta con una molécula de ácido nucleico, en donde la molécula de ácido nucleico codifica una o más nucleasas del dedo de zinc (ZFNs) enlazada de manera operable a uno o más promotores específicos del tejido, por ejemplo, un promotor específico de polen. Los métodos incluyen la remoción de genes naturales en una planta. Por consiguiente, en algunas modalidades, son diseñados los ZFNs que reconocen secuencias que flanquean los genes naturales de la planta. En otra modalidad adicional, los ZNFs son expresados bajo el control de los promotores específicos de la etapa de desarrollo de modo que, por ejemplo, las secuencias de ácido nucleico son removidas específicamente en las plantas durante las etapas relativamente tardías de desarrollo. Se incluyen también moléculas de ácido nucleico útiles para llevar a cabo los métodos descritos y las plantas producidas mediante dichos métodos.