The present invention relates to a composition comprising Tr1 cells and mesenchymal stem cells, and a method for treating an autoimmune disease, an allergic disease or an inflammatory disease.본 발명은 Tr1 세포 및 중간엽 줄기 세포를 포함하는 조성물 및 자가면역 질환, 알레르기성 질환 또는 염증성 질환을 치료하는 방법에 관한 것이다.