The present invention relates to an apparatus for disinfecting food microorganisms, comprising at least one of a container (10), a photofunctional bead (20), a light source device (30), a conduit (40) and a circulation motor The disinfecting device and disinfecting method of the present invention can remove the microorganisms in the food safely without deteriorating the quality of the food and the residue of the chemical compound, and the disinfection method is simple.본 발명은 용기(10), 광기능성 비드(20), 광원 장치(30), 도관(40) 및 순환모터(50) 중 어느 1종 이상을 포함하며, 식품의 미생물을 소독하는 장치 및 이를 이용한 농산물의 소독 방법에 관한 것으로, 상기 소독 장치 및 소독 방법은 식품의 품질 저하 및 화합물질의 잔류 없이 안전하게 식품에 있는 미생물을 제거할 수 있으며, 소독 방법이 간단하다.