Provided herein are methods, compositions, and kits for diagnosing acute rejection of a kidney transplant using a gene expression profile of a classifier gene set. Such methods and compositions are independent of external confounding factors such as recipient age, transplant center, RNA source, assay, cause of end-stage renal disease, comorbidities, immunosuppressive use, and the like. [Selection] Figure 1本明細書では、分類子遺伝子セットの遺伝子発現プロファイルを用いて腎臓移植の急性拒絶を診断するための方法、組成物、およびキットが提供される。このような方法および組成物は、レシピエントの年齢、移植センター、RNAソース、アッセイ、末期腎疾患の原因、併存症、免疫抑制使用などの外的交絡因子に依存しない。【選択図】図1