本发明属生物技术领域,涉及基于红麻atp8基因鉴定雄性不育细胞质的方法,其步骤为:利用ALP(Amplified Length Polymorphism)分子标记技术的特异性引物进行PCR反应,扩增待测红麻样本的线粒体DNA,能扩增出与细胞质雄性不育系具有相同特异性条带的即为含红麻雄性不育细胞质的材料。所述特异性引物为核苷酸序列如SEQ ID No.1和2所示的引物。本发明还提供用于红麻雄性不育细胞质分子鉴定方法的分子标记HM138。本发明采用ALP分子标记技术对红麻雄性不育细胞质材料进行了分子水平多态性检测。该方法鉴定速度快、准确率高、操作简单,非常适用于红麻细胞质雄性不育系的鉴定和分子标记辅助育种。